Il paese di San Piero in Bagno ospita un convento francescano di antica tradizione.
La comunità di San Piero donò al Santuario della Verna una casa con orto e terra da coltivare, trasformati poi essi stessi in convento e chiesa a partire dal 1548; più avanti avvenne la sua consacrazione e la relativa benedizione.
Il convento è da sempre stato sede dei frati francescani, anche se in alcuni periodi furono costretti ad allontanarsi.
Nel 1918 il terremoto distrusse gran parte della chiesa e il campanile venne abbattuto perché pregiudicava la sicurezza dei cittadini. Solo alcuni anni dopo i frati si misero all’opera per la ricostruzione e la chiesa fu finalmente riaperta al culto nel 1941: la posa della prima pietra, simbolo della rinascita, fu affidata all'architetto Alfredo Tabanelli di Civitella Romagna nel 1926.
Nel 1946, invece, terminato il secondo conflitto mondiale, la comunità francescana passò dal controllo della congregazione toscana a quello emiliano-romagnolo.
Alla fine degli anni 70 del '900, grazie anche ai nuovi dettami liturgici in termini di recupero, reimpiego ed arredo liturgico, la chiesa venne coerentemente restaurata recuperando molti manufatti del ‘500.
La Chiesa è divisa in tre grandi navate e fu decorata con vetrate istoriate, mentre l'organo del XVIII secolo venne modernizzato e valorizzato.